コンパイルフラッグ( )には、ROOT のヘッダーのパス が含まれること。 これには - コマンドを使うのが良い。
CXXFLAGS = `root-config --clfags`
また、リンクフラッグには ROOT のライブラリー
ROOTLIBS = `root-config --libs`
ROOTLIBS = `root-config --glibs`